טיפול בעזרת כלבים יעיל בצורה משמעותית לאוטיסטים מפני שלאוכלוסייה זו קיים הרצון להמשיך ולהיות במצב של אנטגוניזם כלפי כל התערבות אנושית. לעומת זאת, למטופלים אין התנגדות להתערבות בעולמם מצד בעלי החיים, מה שהופך את בעל החיים לכלי טיפולי זמין ויעיל.
אחת מצורות העבודה היעילות ביותר בטיפול באוטיזם היא הצפה חושית. בשיטה זו נחשף המטופל לגירויים חזקים בכל החושים עד שרמת הרגישות אליהם יורדת. הטיפול באמצעות בעלי החיים בנוי על עקרון דומה. בעל החיים דורש תשומת לב מן המטופל בדרכים שונות ובכך מעלה את רמת הגירוי. התהליך נעשה בהדרגה ובאיטיות, ע"י בעלי חיים שונים ומשימות שונות, שבסופו רוכשים המטופלים יכולת התמודדות טובה יותר עם הגירויים הסביבתיים.
הטיפול כולל בתוכו מספר שלבים כשבכל שלב מעלים את רמת הגירויים החיצוניים ואת המטלות שעל המטופלים. בשלב הראשון, המטופלים שוהים במחיצת בעלי החיים בצורה מרגיעה ובטוחה, מאוחר יותר הם מטיילים עם בעל החיים ויוצרים קשר תוך כדי התנועה המקבילה ואחיזת הרצועה. הטיפול מכיל תקשורת פיזית של מגע וליטוף תוך לימוד חלקי גוף, הצבעה, תהליך של שאלות ותשובות הקשורות בבעל החיים ועוד.

אספקט נוסף ב-טיפול בעזרת כלבים הוא רכישת מיומנויות בסיסיות של תקשורת. כלומר, כדי לקבל תגובה נכונה מהכלב על המטופל לתת את הפקודה בצורה הנכונה. הכלב יבצע את שנדרש ממנו רק אם מי שעומד מולו ידבר בטון ברור והחלטי ויפעיל שפת גוף של יציבה זקופה בטוחה ורגועה. כך, המטופל מקבל פידבק מידי ומלא סיפוק – הכלב ביצע את הפקודה!
מסגרת הטיפול תהייה שנתית במתכונת של פעם אחת או פעמיים בשבוע.
בהתאם לגיל המטופלים ולאופייה של הקבוצה, נתאים עבורם כלבים מהזן שיתאים להם בכל שלב בהתקדמות.
במסגרת הטיפול השבועי נבחן את התקדמות המטופלים מול הכלבים, ביחד עם המטפלים שמלווים את הקבוצה.
התקדמות המטופלים באופן אישי מול הכלבים, תקבע את אופן התקדמותה של תוכנית העבודה.
מטרתו של הפרויקט עבור אוכלוסיה זו, תהייה ההבנה שהכלב הוא היעיל ביותר, כאמצעי לטיפול ולשיפור חייהם של האוטיסטים ובכך יש לגרום שהטיפול עם כלבים יהווה חלק אינטגראלי מתכנית הלימודים בבתי הספר ובהוסטלים המיוחדים לאוטיסטים.